Bút S Pen, biểu tượng của dòng Note được cải tiến mạnh. Lỗi đút ngược bút từ Note 5 đã được khác phục hoàn toàn. Nếu Galaxy Note 5 có tính năng rút bút và viết ngay lên màn hình thì thế hệ Note 7 cho phép ghim ghi chú này ra màn hình khóa và luôn luôn hiển thị với Always On Display. Không chỉ thế, S Pen mới còn chống nước tương tự thân máy, có thể nhận lệnh cảm ứng dưới nước. Bút cho phép nhận diện 4.096 mức độ lực, hoàn thiện khả năng viết, vẽ như cây bút truyền thống. Ngoài ra, S Pen còn có các tính năng mới như tạo ảnh GIF, dịch văn bản hay phóng to các nội dung hiển thị lên gấp 3 lần bình thường.