Tuy nhiên, mặt lưng là điểm tạo ra sự khác biệt hoàn toàn giữa S6 với các model tiền nhiệm như S4 và S5 cũng như iPhone. Samsung sử dụng kính cường lực Corning Gorilla Glass 4 phủ lên chất liệu nền đặc biệt, giúp tạo ra các hiệu ứng đổi màu rất rõ trên các bản màu xanh đen và vàng. Dù đẹp và lạ mắt, mặt lưng của S6 lại rất dễ bám vân tay và gây bẩn. Phiên bản màu trắng là đỡ nhất.